元朝对漠南的统治基本没问题，对于元朝这种……蒙不蒙汉不汉的政权来说，漠南这种蒙汉交杂区域就是对元朝最忠心的了（甚至在元朝到明朝时期，漠南的上都多民族驻军最终由于非常认同蒙古，形成了永谢布蒙古人，永谢布就是汉语“云需宫”的谐音），主要说说漠北吧。

漠北在忽必烈和阿里不哥撕逼时代，属于诸王统辖，阿里不哥仅为其中之一（当然身份特殊）。两人撕逼开始时，大部分漠北诸王都抱互相不理睬的态度，但是在阿里不哥和忽必烈各自抛开诸王自封可汗后，漠北诸王的态度就有了转变。

什么转变呢，就是大伙发现依托汉人力量的忽必烈的势力太强了，大伙就是抱团都打不过，这号人要是得逞了，以后库里台大会就别想着开了，谁都没发言权了。而要是大伙一起帮阿里不哥，日翻了忽必烈的话，阿里不哥实力也就那样，大伙还能像以前一样当长老，给可汗讲讲人生经验，还能维持自己的利益。

结果就是，漠北诸王几乎全部反对忽必烈，然后被忽必烈又一网打尽，当然这个过程非常漫长，终忽必烈一世，漠北都有叛乱，甚至漠北诸王引窝阔台汗国、察合台汗国杀入，就是不让忽必烈安心。

于是，忽必烈在漠北设立了这么几个机构。

第一个是，给漠北留一个“可汗”的傀儡替代品来哄蒙古人，就是皇子或者皇孙出镇，起初忽必烈以皇子那木罕为北平王（后封北安王），名义总辖全局（实际上军政大权他说了不算）。那木罕死后，以皇孙甘麻剌为晋王，总辖全局。甘麻剌在漠北蹲的非常久，最终导致蒙古人都认为“晋王”就是朝廷的副皇帝（这就叫县官不如现管），就跟小可汗一样。所以在明朝时期，北元的往往会封一个“晋王”做可汗之下其他人之上的职位，管辖仅次于可汗的部众数量，也就是明朝时期翻译过来的“济农”。

第二个是，设立和林宣慰司都元帅府，作为漠北真正的最高军政机构。宣慰司这仨字，说实话怎么看怎么搞笑，这是给归顺的其他少数民族以及外国人设的，然而漠北久叛，所以忽必烈也就成了不蒙不汉的气门芯了，给老家就弄这么个机构。

到了元成宗年间，四大汗国中窝阔台汗国已经被瓜分，其他三个都和元朝互相妥协了，大伙都认可元朝为地球球长，元朝也认可他们各管各的不能干涉其内政，于是漠北诸王就没了叛乱的靠山。漠北也日趋安定，于是宣慰司这种机构就不能设了，尼玛太难听了。于是就改设“和林行省”，在科布多则保留了称海宣慰司，以防万一（万一察合台汗国或者金帐汗国不守规矩、或者其他部落和诸王胡来）。

元仁宗时期，看起来是更和平了，反正剩下的三大汗国互相斗殴，但没人敢打元朝主意了，所以漠北可以从军管完全转正常行政了。于是就设立了“岭北行省”，下辖和宁路（就是原和林宣慰司，名字都改成和宁了）、称海宣慰司（科布多防御西方的军镇）、谦谦州（管辖西伯利亚民族）、诸王部落及其他部落。

由于漠北人口不多，而且和林、称海两地的人口比较集中，所以压根不用设州县，和宁路也就是唯一管辖蒙古人的行政机构了，称海则为军管区（元武宗以前就出镇这里，靠这里的阿兵哥登基）。而其他区域和人口都还掌握在诸王部落和其他部落手中，所以元朝在岭北的统治其实还是很大条，说白了就和林、称海、谦谦州两个半据点而已，为什么说谦谦州是半个据点呢……因为谦谦州的居民大多数是西伯利亚其他民族（比如吉尔吉斯人），或者边缘蒙古人（比如图瓦人），对蒙古的认同程度并不是很高。

不过嘛，漠北人口稀少，而且成吉思汗设置千户分化部落的老本还在，短期内不会形成强大的新部落联盟，元朝又时间不长，也没有给漠北部落从千户制复古部落形成部落联盟的时间，所以在窝阔台汗国灭亡、察合台汗国和金帐汗国不在敌视元朝后，仅凭漠北那些分散的部族，压根就形成不了太强的边患。

比如卫拉特，元朝时期翻译为“外剌”，很有运气地躲开了成吉思汗的千户制瓦解，虽然有所发展，但要形成政治实体来影响蒙古政治，还得到元朝灭亡之后。