没有直接交流。

但是，莫卧儿帝国倒是跟清代前期我国的一些割据政权（如准噶尔汗国、叶尔羌汗国）有交流。

还有个特殊的两头朝贡国，拉达克王国这个两头臣服的属国（清朝和莫卧儿帝国两头纳贡）也就成了清朝获悉莫卧儿帝国情报的一个来源，同样也是莫卧儿帝国获悉清朝的一个来源。

清朝最初，并不了解莫卧儿帝国，因为明朝就不怎么了解。岳钟琪追击准噶尔人时，分析了一些中亚和南亚的局势，在奏折里，管莫卧儿帝国叫“哈齐”（藏族对莫卧儿帝国的称呼），并称为“回子中最大部落”。

此后清朝就开始格外注意莫卧儿帝国了，而随着给清朝提供情报的拉达克王国的伊斯兰化，拉达克王国的公文从藏文变成了波斯文之后，清朝把莫卧儿帝国的称呼，也就从藏文的“哈齐”变成了波斯文的“痕都斯坦”，再到传统蒙文（满文档案称呼）和汉文（中文档案称呼）中的“印度”了。

清朝各种档案里，还有这个莫卧儿皇帝的名字：

穆罕默德沙

清朝档案里，管他叫“印度”的“巴咱汗”麻麻撒（仅见于满文档案），所谓巴咱汗就是“帕夏”+“可汗”，这是藏族人对伊斯兰世界君主的一种笼统性称呼。

其实穆罕默德沙当时日子很苦，国内内忧外患，内部有马拉塔人造反，外部和波斯人作战失利，所以穆罕默德沙非常注重搜集周边情报，尤其是中国的动向。对于中国，莫卧儿帝国绝对不会陌生的，开国皇帝巴布尔年少流浪时就在日记里写着想去中国投靠他舅舅（吐鲁番的阿黑麻汗）混日子。

在对中国方面，满文档案中有部分拉达克给清朝的汇报文件，显示印度和准噶尔汗国互相有密使往来，而且还被拉达克王朝秘密汇报给了清朝。

清朝和莫卧儿帝国都在拉达克王国间接角力，而且准噶尔汗国和莫卧儿帝国也有密使往来，准噶尔汗国似乎还非常关心印度和波斯之间的战事。清朝平定准噶尔后，又积极向中亚拓展势力，把莫卧儿视为“回子中的最大部落”，照这么发展下去，清朝和莫卧儿帝国出现直接往来，那是必然的。

可是。

阿富汗帝国崛起了，阿富汗帝国大举入侵印度，莫卧儿帝国被打得稀巴烂，自此后莫卧儿帝国一蹶不振，马拉塔人建立了松散的新帝国，莫卧儿皇帝沦为世代汉献帝就等英国人来一波接收了。

《平定准噶尔方略》里，就记载了：

土伯特拉达克汗策旺那木扎尔遣人致书，臣等译看，其书云: 闻 爱乌罕（阿富汗）头目爱哈默特沙，恃强攻 痕都期坦（印度）部落，取扎纳巴特城（旧德里） ，以阿奇木伯克守之，自居拉固尔城 （拉合尔） 。又克什米尔部落，旧头目名塞克专 ，爱哈默特沙令其往见; 不从，遂遣人统众数万攻之。塞克专迎战败溃，为其下人执送。爱哈默特沙颇能体恤农商人等，如古之尼西尔宛（萨珊波斯库思老大帝）时，羊虎同居，并不相害等语。臣等复书，奖其诚悃。

阿富汗 爱哈默特沙

所以说“回子中最大部落”已经是阿富汗了，莫卧儿帝国已经衰落不值得清朝注意了。清朝也就懒得去跟莫卧儿帝国打交道了，而莫卧儿帝国内忧外患自顾不暇，自然也就没功夫去联系以前就没啥交情的清朝了。

阿富汗和清朝交往之后，倒是有趣得多。阿富汗使者自恃强国来使，不肯磕头啊，这要是不磕头……算啥朝贡啊，可把清朝官员急死了，连哄带吓连欺带诈，最后举例说俄罗斯人和欧洲人都磕头了你算啥东西不磕头？阿富汗使者肯定是知道俄罗斯的，于是勉强磕了个头……

如果莫卧儿帝国没有衰落，跟清朝有政治交流的话，大抵也会搞出这种磕不磕头的闹剧来的。